Десктоп Товер Дефенсе не прати генерички стил игре Товер Дефенсе. За разлику од многих других игара одбране кула, пут самих пузавица није постављен; уместо тога, изграђене куле одређују пут гмизаваца, који иду најкраћим путем који могу пронаћи до излаза. Ово вам омогућава да одаберете свој начин играња игре, а такође омогућава и врло занимљиве стратегије.
Не само да можете утицати на пут којим крећу пузавице, већ ћете такође морати да управљате својим финансијама и одлучите да ли је исплативије изградити више купола или надоградити постојеће. Стратешко постављање различитих купола је кључно, јер свака купола има своје место и своје посебне способности.
Пузање долази у таласима у одређеним интервалима. Сваки талас пузања има различите карактеристике, као што су имунитет на одређене куле, додатни отпор одређеним кулама и способности да изроде нове гмизавце, крећу се брже него што је уобичајено или прелете куле, уместо да прате лавиринт. За сваки талас, игра се ротира међу врстама пузања.